Gubble 2 является прямым продолжением первой части, внося некоторые изменения в игровой процесс. Сюжет довольно прост - инопланетянин по стечению обстоятельств оказывается на неизвестной для себя планете и, как и полагается в таких случаях, хочет выбраться как можно скорее. Но все далеко не так просто, ведь на пути у него окажется множество препятствий и головоломок. По такому принципу устроены все 124 уровня сюжетной кампании, и каждый раз условие достижения результата будет меняться.

Каждая локация в Gubble 2 представляет собой отдельный сегмент пространства, наполненный препятствиями. Это могут быть вращающиеся колонны с шипами, выемки с кольями, а также несколько других штук. Чтобы миновать их, порой достаточно просто сделать движение в сторону. Но есть ситуации, когда необходимо использовать вспомогательные предметы. Например, подвинуть платформу для подъема на возвышенность, или подобрать молот, чтобы ударить по кнопке и открыть себе проход дальше. После завершения очередного сегмента происходит подсчет набранных очков. В основном этот показатель зависит от потраченного времени, ведь чем быстрее удается завершить прохождение, тем больше пунктов получит пользователь. Показатель сложности в целом отсутствует - определить, насколько трудным является тот или иной сегмент можно по количеству препятствий.