Chrysalis — это роглайк-стратегия, игровой процесс которой разделен на две контрастные фазы. Первоначально протагонист в облике бестелесного духа изучает процедурно генерируемые локации, вселяясь в дружественных существ и собирая ресурсы. По истечении таймера спокойная садовая атмосфера сменяется зловещей, а на карте появляются волны агрессивных монстров. С этого момента начинается этап защиты, требующий применения всех накопленных сил и тактических навыков для отражения атак. Главной задачей становится защита ценного объекта от уничтожения.

Под прямое управление можно взять только одно создание, однако со временем протагонист способен обзавестись последователями, которые будут помогать в бою. Перед началом каждого прохождения Chrysalis предлагает выбрать один из доступных типов кокона, определяющий стартовые условия и стиль прохождения. Гибель подконтрольного существа не приводит к окончанию сессии, поскольку дух может просто найти нового носителя. Однако разрушение центрального объекта означает неминуемое поражение и необходимость начинать все заново, используя полученный опыт.

Механики развития союзников:

• Метаморфоз — повышение уровня подконтрольных созданий с последующей их трансформацией в более мощные формы.
• Мутация — комбинирование различных видов для выведения новых гибридов с уникальными наборами способностей.
• Дары — случайные бонусы, получаемые за отражение вражеских волн и предоставляющие пассивные или активные умения.