Шутер Instinct рассказывает альтернативную историю событий, произошедших в горах Янгандо, которая имела место в реальности 13 сентября 2004 года. У разработчиков появилась своя версия, которую они положили в основу игры. В северокорейской провинции под названием Янгандо происходит странный взрыв. В секретных лабораториях, расположенных вблизи огромной горы, проводились ужасные опыты. В ходе исследований ученые испытывали чужеродный вирус, именуемый Инстинкт. Вследствие катастрофы вирус выходит из-под контроля.

На секретный объект ФСБ отправляет боевую группу срочного реагирования. Прохождение осуществляется поочередно за каждого из 3-х героев, прототипами которых стали известные личности, сделавшие озвучку для своих персонажей. Это Михаил Пореченков и Олег Карча - актеры, а также Ида Чуркина - модель. В процессе постепенно открывается переплетение сюжетной линии во времени и пространстве, что позволяет посмотреть на происходящее под разным углом. В конце каждой миссии подаются видеоролики, которые показывают различные события, что поможет понять картину происходящего.

Инстинкт превращает человека в зомби. Агенты должны проникнуть в лабораторию, разведать обстановку и быстро принять решение как справится с ситуацией. Действия разворачиваются на объекте, где персонажи участвуют в массовых перестрелках с бывшими людьми, которые быстро начали превращаться в живых мертвецов. Также предстоит сражаться с террористами, что часто прячутся в засадах. Персонажа ждет выживание в темных закоулках научной базы. Здесь полно опасных ловушек, бочок с газом, деревянных ящиков. Есть возможность использовать при ранении аптечку, которую часто можно встретить по пути. Агентам предстоит стрелять, скрываться, лазить по вентиляционным трубам. Зомби здесь на каждом углу, они идут толпами и пугают своим обликом.