A Virus Named TOM рассказывает историю доктора Икс. Ученый работал на корпорацию МегаТек и сделал много хорошего для Города Будущего. Но однажды его уволили. Перед своим уходом изобретатель внедрил вирус в сеть компании, чтобы уничтожить оставшиеся там собственные наработки и отомстить. Сюжет подается с помощью анимированных картинок и закадрового голоса протагониста.

Вирус по имени Том – это аркадная игра-головоломка с видом сверху. В инди-проекте имеется одиночный режим, что состоит из 6 зон и 50 уровней. Также создатели добавили мультиплеер с поддержкой до 4 участников. Под совместное развлечение разработчики создали ещё полсотни уровней. Помимо кооператива есть PvP. Ещё в наличии таблица с рекордами.

Геймплей построен вокруг необходимости соединять "трубы". Юзеров подгоняет вперед таймер, а достижению цели мешают противники. Постепенно вводятся новые механики. Игровой процесс становится сложнее с каждой пройденной картой. Управление осуществляется через клавиатуру или геймпад. Можно перемещать вирус в разных направлениях, а также вращать узлы. Смысл состоит в том, чтобы правильно всё соединить. Параллельно этому необходимо уклоняться от врагов. Всё происходит в реальном времени. Чем быстрее геймеры справятся с задачей, тем больше очков заработают. На полное прохождение сингла может уйти около 3 часов.