Завязка сюжета в Darkened Skye не предлагает ничего примечательного. Главная героиня по имени Скай, которая, будучи пастушкой, по чистой случайности находит необычный камень. Она еще не знает, что он обладает магической силой, но внезапно появляется злой волшебник Некрод и натравливает на героиню своих приспешников. Оказывается, что эти небольшие объекты дарую магическую силу, а их источником является радуга. Но злодей создал черную призму, чтобы направить эту самую радугу в свой мир, и получать все камни. С этого момента и начинается основная часть геймплея.

По смыслу Darkened Skye является классическим приключенческим проектом, где нужно продвигаться по последовательно расположенным локациям, отбиваясь от атак чудовищ. Подземелья, помещения замков, болота, леса, каменные пустоши и прочие места разбросаны между более чем 30 уровнями, и каждый раз предлагают героине новые условия и сложности. Главная задача - собрать 5 призм и поместить их в амулет, полученный в наследство от мамы. Именно так можно вернуть радугу в мир людей, чтобы помешать планам волшебника. Основным оружием для Скай является посох, с помощью которого можно выбрасывать на противников сгустки энергии. Чем больше камней находит геймер по ходу прохождения, тем больше чаров становится доступно со временем. Количество камней ограничено, поэтому придется грамотно распределять их между открытыми чарами, делая упор на конкретные навыки. Что касается врагов, то они обладают уникальными для себя показателями стойкости и выносливости. Поэтому даже самые хлипкие на первый взгляд орки или подобные существа кажутся неуклюжими и слабыми, справиться с ними будет очень непросто.