SCP: Nine-Tailed Fox – это история про элитный отряд, разбирающийся с опасными аномальными монстрами, пробивающимися на поверхность планеты через подземные комплексы. Главной задачей для игрока становится устранение жутких тварей, чтобы обезопасить сектора и устранить предполагаемую катастрофу. Пользователь занимает позицию командира группы, старающегося тактически прорабатывать уничтожение чудовищ и строить безопасные маршруты внутри исследовательской лаборатории. Приходится выживать в пугающей атмосфере, чтобы спасти человечество от надвигающейся угрозы.

Сюжетная часть в SCP: Nine-Tailed Fox развивается постепенно, где необходимо выполнять условия по ликвидации разнообразных мутировавших существ, обладающих сверхъестественными способностями. Ученые ставили опыты над различными созданиями и людьми, из-за чего монстры стали агрессивно настроенными против людей и устроили погром. Взяв под управление секретный отряд, геймеру приходится аккуратно передвигаться по темным локациям и исследовать местность на наличие аномальных проявлений. При обнаружении тварей, предстоит искать подход к устранению. Одни монстры более спокойные, другие владеют искусно телекинезом и способны быстро вывести из строя бойцов.

Проходить задания можно в одиночном режиме, выполняя требования сюжета кампании или в многопользовательском варианте. В полевых условиях приходится перемещаться и применять технологичное оборудование для поиска противников. В бою воины используют огнестрельное оружие и второстепенные вспомогательные предметы снаряжения, такие как гранаты или световые фонари, которые могут отпугнуть чувствительных существ.