The Shaman's Ark представляет мир, стоящий над сущностью по имени Бездна. Давным-давно люди нашли убежище на структуре под названием Ковчег, но пустота внизу теперь просачивается обратно в их земли. Шаман возвращается из тьмы, вооруженный только барабаном. Древние мелодии инструмента функционируют как оружие, превращая каждый бой с порождениями Бездны в ритмичный ритуал, совершаемый на грани смертности.

В The Shaman's Ark продвижение завязано на исследовании взаимосвязанного мира. Новые способности предоставляют доступ к ранее недоступным территориям, являясь компонентом дизайна этой метроидвании. Сила накапливается через поиск и ношение костей для шаманского ожерелья, причем каждый фрагмент наделен особыми свойствами. Игрок также ищет Места Силы для восстановления и усиления своих возможностей, встречая других персонажей с различными мотивами и историями.

Путешествие требует столкнуться с множеством форм, принимаемых Бездной, от мелких проявлений до гигантских боссов, командующих своими владениями. Раскрытие истории Великого Шамана и происхождения Ковчега является центральной частью игрового процесса. Повествование предлагает разные пути, а принятые решения влияют на исход конфликта между Ковчегом и пустотой. Одиночная сюжетная линия этой игры разветвляется, приводя к нескольким концовкам.