Super Hexagon не содержит в себе никакого сюжета. Это динамичная аркада с видом сверху. Внешне она выглядит как бесконечная игра. Но на самом деле её можно пройти. До конца дойти будет непросто, так как тайтл весьма хардкорный. Проект использует минималистичный визуальный стиль.

Геймплей заключается в выживании на арене. В Super Hexagon она гексагональной формы. Посредине уровня находится шестиугольник, который притягивает к себе различные объекты. Задача пользователя состоит в том, чтобы уклоняться от них. Юзер управляет треугольником. Он может перемещаться влево и вправо. Необходимо вовремя уворачиваться от препятствий, оставаясь на свободном пространстве. При соприкосновении с центром зоны блоки разной формы исчезают, но вместо них появляются другие геометрические фигуры. Сама локация при этом постоянно вращается в разные стороны. Всё движется и меняет свой цвет в такт музыке.

Игровой процесс постепенно усложняется. Чем дольше геймер играет, тем сложнее ему будет проскакивать в безопасные участки. Времени на принятие решений с каждым разом становится всё меньше. Инди-проект требует от игрока хорошей реакции. В тайтле присутствуют миссии. За их выполнение открываются новые разновидности сложности. Для прохождения этапа необходимо оставаться невредимым определенное количество секунд.