В качестве оранжевого прямоугольника в Thomas Was Alone, геймер будет справляться с трудностями на своем пути на протяжении сотни уровней. В этом ему помогут друзья - другие геометрические фигуры Командная работа поможет преодолевать различные препятствия, ведь друзья смогут подсаживать протагониста на выступы и использовать собственные умения для поддержки.

Томас - прямоугольник оранжевого цвета, который умеет прыгать, но пройдя пару левелов, герой понимает, что его навыков не достаточно. Тогда ему помогают товарищи - другие одушевленные фигуры, имеющие форму параллелепипедов. Вместе они отправляются в приключения в геометрической Вселенной, цель которого в том, чтобы добраться вместе до конца пути. Всего в игре есть десяток протагонистов с уникальными навыками, между которыми можно переключаться. Один может высоко прыгать, второй проберется через узенький тоннель, а герой станет для них своеобразной ступенькой. Фигурки смогут подсаживать партнеров на высокую платформу, где можно вызвать лифт; помогать пробраться через ров с водой, создавая платформу-мостик.

Действия адвенчуры Томас Был Один происходят в виртуальном мире, где после одного события ИИ получает индивидуальность и способность действовать самостоятельно. Каждый персонаж изображен в качестве цветного прямоугольника, способного перемещаться влево-вправо, и прыгать. В процессе на локациях появляются более сложные испытания, например, кольцевые коридоры, уменьшается число блоков-островков, расположенных над ловушками.