Bio Menace повествует о приключениях Снейка Логана. Усатый сотрудник ЦРУ по приказу начальства отправился на разведку к Метро-Сити. Этот город был захвачен мутантами. Оперативник должен был на самолете изучить обстановку из воздуха, но его подбили. После этого выживший при крушении герой отправился разбираться с доктором Манглом, ответственным за весь этот хаос.

Это экшен-платформер с видом сбоку. В Bio Menace есть несколько типов оружия. Менять их нельзя. При подборе новой ствол сразу же заменяет старый в руках протагониста. По умолчанию агент носит с собой винтовку с бесконечным боезапасом, что выпускает по 3 пули за раз и требует её постоянно перезаряжать. Можно подобрать автомат (без перезарядки), супер-ружье, наносящее повышенный урон, и устройство, стреляющее плазменными стрелами. Помимо этого существует 4 секретные пушки, а также гранаты, мины и временный робот-помощник.

В игре 12 карт. Обычно на них просят уничтожить босса или освободить заложника. При переходе на следующий этап у протагониста всегда отбирают всё собранное добро. Кампанию можно пройти на 3 уровнях сложности. В случае гибели боец появляется на ближайшей контрольной точке. При этом все убитые враги не возрождаются. Большую часть времени герою приходится сражаться с чудовищами и роботами (присутствует кровь и мясо). Помимо отстрела супостатов он занимается поиском ключей, аптечек и бриллиантов. За сбор 50 единиц драгоценностей дают ещё одну жизнь.