Hexodius повествует о приключениях дрона по имени БОБ. Его построил другой робот, что зовет себя Фредом. Механический создатель поручил своему творению миссию. Нужно остановить искусственный интеллект, что взбесился после сгорания предохранителя, разрушил лабораторию и начал штамповать агрессивных ботов в огромных количествах. Герой отправляется в путешествие между измерениями.

Это арена-шутер с видом сверху. В Hexodius есть 6 разновидностей уровней. На них просят выполнить одно из 3 заданий на выживание, защиту или уничтожение. В наличии 25 типов врагов. Присутствуют битвы с боссами. За прохождение каждого этапа начисляется рейтинг. Чем он выше, тем больше дадут внутриигровой валюты.

Персонаж умеет перемещаться в нескольких направлениях и стрелять. По мере прохождения он покупает себе различные апгрейды. Всего здесь 40 улучшений. Они увеличивают скорость передвижения, усиливают вооружение или позволяют совершать дополнительные действия. Например: ставить мины или применять автоматические турели. Все реальности, между которыми скачет протагонист, различаются биомами и противниками. В каждом мире встречаются и уникальные недруги. Переход между уровнями происходит на глобальной карте, что поделена на шестиугольники. Там же дают посещать магазин и ремонтную станцию.