Индиана Джонс и последний крестовый поход – приключенческая игра, повествующая о путешественнике и преподавателе, который вновь оказывается в центре интересных событий. Всё начинается с возвращения после поисков Коронадо. Главный герой получает задание от миллионера добраться до Святого Грааля, могущественного артефакта, способного наделить человека бессмертием и сделать его вечно молодым.

После разговора с Донованом, Индиана узнает об исчезновении собственного отца, также отправившегося отыскивать священный предмет. В игровом процессе встречаются локации, появлявшиеся в фильме. На старте прохождения предстоит пообщаться с Эльзой. Вместе они спустятся в подземные катакомбы и получат важную подсказку с указанием на Грааль. В дальнейшем игрок отправится путешествовать по замку Брюнвальду, где и встретится с отцом Джонсом. Родственник находится в плену у немецких нацистов, а внутри вражеского замка предаст Эльза, поскольку является скрытым агентом.

В прохождении "Indiana Jones and the Last Crusade" применяется система IQ points. На баллы влияет не только решение головоломок и преодолении препятствий, но и изучение скрытых и второстепенных элементов процесса. Многие задачи обладают несколькими альтернативными путями решения. Сюжет нелинейный, а у геймера имеется возможность предпринимать разные решения, ведущие по нескольким путям.