Indiana Jones and the Fate of Atlantis вышла в эпоху расцвета жанра поинтклик квестов и стала одним из самых ярких его представителей. Игроку предстоит сыграть за знаменитого археолога, которому в очередной раз придется спасать мир от древней угрозы. История начинается с похищения идола из музея накануне Второй мировой войны. Индиана узнаёт, что вором является агент Третьего рейха, которому артефакт нужен для розыска утерянного континента. В затопленной Атлантиде хранится древнее оружие, при помощи которого можно подчинить весь мир. Главный герой вместе со своей подругой-экстрасенсом по имени София Хэпгуд попытаются помешать этим поискам.

В игре Индиана Джонс и судьба Атлантиды доступно три способа прохождения:

• Путь смекалки - вариант с наибольшим количеством головоломок и самыми сложными загадками, требует от игрока большой внимательности;
• Путь кулака - самый простой вариант прохождения, включающий больше всего драк;
• Командный путь - опция, обеспечивающая наиболее частое применение умений компаньонов, интересна обилием диалогов и юмора.

Каждый и способов выбирается в самом начале ведет к отдельной положительной концовке. Провал на любой из них станет причиной единственной отрицательной развязки событий. Независимо от выбранного варианта прохождений, основой геймплея является поиск и применение различных предметов. Часть задач можно решить и через диалоги. Все фразы в Indiana Jones and the Fate of Atlantis полностью озвучены.