Мококо X представляет собой аркадную игру-головоломку. У проекта анимешная графика. Сюжет подан в формате визуальных новелл. Он состоит из разных смешных и абсурдных историй. Геймер помогает девушкам справиться со страхами. У каждой из 8 барышень есть свои фобии. Например: Ирэн страдает арахнофобией. Чтобы ей помочь, нужно одолеть мистера Федорова – её воображаемого паука. Кампания состоит из 32 уровней. Доступно 3 разновидности сложности. Все персонажи анимированы и озвучены. Можно выбирать между английской и японской озвучкой. Весь геймплей происходит в реальном времени. Есть несколько режимов, в том числе и для любителей хардкора.

Разработчики позиционируют Мококо X как духовного наследника старых аркад Qix и Volfied. Юзер управляет кораблем, что может двигаться только вверх, вниз, влево или вправо и поворачивать строго под углом в 90 градусов. Транспорт за собой оставляет линию. При движении он может отрезать куски поля, создавая квадраты и прямоугольники. Задача пользователя состоит в том, чтобы таким образом очистить весь экран и разблокировать анимированную картинку на фоне полностью. На карте находится монстры. Они могут свободно передвигаться по плоскости в любых направлениях. При столкновении враги наносят урон, снижая полоску здоровья. От их ударов спасает щит, однако его заряд постепенно уменьшается. Вылезать за пределы уже отрезанного игроком поля недруги не могут. Кроме супостатов на локациях появляются бонусы и ловушки.