Chosen War ставит игрока в роль Избранного, которому поручено собрать и повести в бой армию на архипелаге. Предстоит перемещаться по покрытым туманом землям и вступать в бой с вражескими силами, используя тактическое размещение отрядов. Каждое приключение строится вокруг исследования мира и управления провизией. Конечная цель — столкновение с Верховным Жрецом на финальной локации. Маршруты, расстановка противников и события генерируются процедурно, обеспечивая уникальность каждой новой вылазки.

В Chosen War успех на поле боя вознаграждается дарами от божества по имени Бог Спагетти. Награды включают усиления для отрядов, а получение третьего апгрейда для одного типа юнитов приводит к качественной трансформации его способностей. Геймеры могут тратить золотые монеты на получение нового набора усилений. Эта валюта также является ключевой при взаимодействии с Хитрым Торговцем. Этот персонаж предлагает различные предметы, новых рекрутов и доступные для изучения навыки в обмен на золото на специальных торговых локациях.

Геймплей предлагает множество стратегических возможностей помимо прямых столкновений. На некоторых землях Алтарь Чудес позволяет воскресить павших воинов за плату, однако они возвращаются в строй ослабленными. Также можно взламывать тюрьмы, охраняемые местными обитателями, и освобождать пленников, пополняя ими свои ряды. Перемещение между массивами суши происходит на лодке, что расходует припасы, либо посредством телепортации между особыми сахарно-треугольными островами, не истощающей рационы. Некоторые территории хранят сокровища под защитой гарнизонов, и для получения ценностей предстоит одолеть эти отряды.