Сюжет Phantom Brave PC рассказывает о 13-летней девочке Мароне, которая потеряла родителей еще в раннем возрасте. Сейчас она живет на Фантомном острове в мире Ивуара вместе с призраком Эшем. Когда он был жив, он работал с родителями Мароны, исполняя роль наемного охотника за головами. Во время выполнения одной из миссий, он попал на Остров Зла, созданный из-за осколка злонамеренной сущности, известной как Сера. Этот фрагмент напал на троицу, убив родителей героини и Эша.

Хейз, отец Мароны, воспользовался остатками собственной жизненной энергии, но ее хватило только для того, чтобы вернуть Эша в виде приведения. Тогда они попросили его, чтобы наемник присматривал за девочкой. Игровой процесс представлен в виде тактического ролевого приключения с многочисленными сражениями, происходящими на изометрической доске. Протагонистка посылает фантомных союзников на соперников, взаимодействует с деревьями, камнями и цветами себе на пользу. Объекты предоставляют разнообразные бонусы к способности и характеристикам.

Во время сражения можно убить до 14 фантомов, но они ограничены физическим миром лишь на определенное количество атак. Некоторые ходы подопечные будут оставаться взаперти, либо в оглушении, что зависит от класса. Присутствует разделение фантомов на классы: ведьмы, солдаты, охотники и другие. В зависимости от вида, персонажи обладают определенным шансом на выпадение необходимого предмета для них.