Spaceship Commander – ролевое инди-приключение, соединяющее в себе множество жанров: экшен, стратегию в реальном времени и рогалик, благодаря которому окружение рандомно генерируется после каждого начала новой игры. Система достижений отслеживает достижения игрока и его успехов в продвижении в однопользовательском режиме. Геймер управляет протагонистом, обладающим собственным космическим кораблём и экипажем, следующим за своим лидером в самые отдалённые уголки вселенной с достоверно восстановленной картой открытого космоса. Присутствует возможность посещать реально существующие планеты и пролетать возле звёзд, таких как: Проксима, Альфа и Бета Центавра, Барнарда и Луман-16.

В самом старте, главный герой имеет в своём распоряжении сравнительно небольшой космический корабль, длинной в 40 метров, вмещающий 5 человек экипажа и имеющий на борту 2 турели для боевых действий. По мере исследования галактик, геймер накапливает на базе ценные ресурсы, которыми можно торговать или совершать обмены на необходимые вещи или деньги. Валюта позволит сменить корабль, нанять больше людей в экипаж и перевозить больше груза. Самый громадный космолёт, доступный для покупки называется "Фрегат". Его длинна составляет 200 метров, жилых отсеков хватит на 40 человек, а турелей установлено сразу 7 штук.

Помимо передвижения в открытом космосе доступны высадки на планеты, имеющие разные климатические особенности, отличающийся химический состав атмосферы и множество других факторов, влияющих на окружение. Экспедиции на поверхность нужно проводить в сопровождении некоторых членов коллектива, ведь можно наткнуться на агрессивные формы жизни.