SaGa Frontier 2 Remastered представляет повествование о двух центральных фигурах, действующих в одну эпоху, но в различных обстоятельствах. Сюжет следует за Гюставом, наследником королевского рода, вовлеченным в междоусобные распри, и Уиллом, раскопщиком, столкнувшимся с нависшей угрозой. Хотя их пути поначалу расходятся, их отдельные судьбы со временем переплетаются, внося вклад в общую историческую летопись мира. Продвижение осуществляется через систему "Выбор истории", позволяющую выбирать определенные события для прохождения. В результате, предстоит вжиться в роли различных персонажей, наблюдая фрагменты мировой истории с разных точек зрения. Такая структура определяет взаимодействие с основным сюжетом.

Боевая система в SaGa Frontier 2 Remastered использует механики озарения и комбо, а также особые дуэльные поединки. Данное издание добавляет новые события, раскрывающие подробности историй, не затронутых в первоначальной версии, и делает доступными дополнительных персонажей для участия в сражениях. Развитие героев включает систему "Наследование параметров", позволяющую передавать характеристики одного протагониста другому для расширения возможностей настройки. Усиленные встречи с боссами предлагают альтернативные испытания в рамках структуры произведения. Кроме того, можно управлять нанятыми раскопщиками, отправляя их в экспедиции для возможного получения предметов; эти вылазки требуют присмотра. Улучшения процесса также включают функцию ускорения и режим "Новое прохождение+", позволяющий переносить данные о завершении в новую сессию.