Геймплей Counter Terrorism вдохновлен старым добрым сапером. Задача проста: нужно исследовать карту, вычислить и поймать террористов, обезвредив их до того, как закончится обратный отсчет на таймере. Игроку придется контролировать свой бюджет, чтобы вычислить локацию, где находится указанная в миссии цель. Игровой процесс в Counter Terrorism начинается с выбора задания. Изначально дается подробная информация и карта, на которой можно проверить полученные данные. Перед выполнением миссии ее нужно подтвердить, а затем отправиться в город для захвата террориста.

Присутствуют два режима игры: классический со стандартным прохождением и кастомизация, где пользователь сможет самостоятельно настраивать некоторые параметры для получения индивидуального опыта. Внешность героя можно выбрать самостоятельно. Сведения о цели и ее местоположении по мере продвижения по уровню могут меняться. Узнать точные данные можно благодаря перекрестному сравнению информации. Также будут доступны подсказки и советы, но они поданы слишком мелким шрифтом, поэтому даже на большом экране понадобится время, чтобы все рассмотреть. Из-за этого прохождение может превратиться в угадывание, а не решение головоломки. В игре также присутствуют баги. Например, в миссии с двумя противниками, для одного из них могут не действовать подсказки.