Atelier Ryza 2: Lost Legends and the Secret Fairy DX предлагает расширенную версию приключения, позволяя взять под управление Эмпеля и Лилу в их собственной сюжетной линии. События этого дополненного издания разворачиваются спустя 3 года после финала первой части, когда повзрослевшая Райзалин Штаут отправляется в столичный город Ашра-ам-Берд. По просьбе друга она берется за исследование таинственного камня, который вскоре оказывается яйцом. Из него вылупляется загадочное существо, получившее имя Фи, что и становится отправной точкой для новой череды открытий и опасностей, связанных с древними руинами.

Основой прохождения остается алхимический синтез, необходимый для создания предметов и экипировки. Боевая система, сочетающая пошаговые элементы и сражения в реальном времени, была усовершенствована. В столице Райза воссоединяется со старыми друзьями, среди которых Тао, Лент и Клаудия, а также знакомится с новыми компаньонами, включая Патрицию, Клиффорда и Серри. Исследуя руины в Atelier Ryza 2: Lost Legends & the Secret Fairy DX, команда раскрывает тайны прошлого и ищет способ помочь своему новому питомцу, чье происхождение тесно связано с этими древними местами и потусторонним миром.

Выясняется, что Фи — создание из Преисподней, которому для выживания требуется огромное количество маны. Поглощая энергию из магических кристаллов в руинах, существо невольно ослабляет древнюю печать. Это приводит к открытию врат в другой мир и появлению могущественных монстров под предводительством Легендарного Монарха. Героям предстоит не только дать отпор вторжению, но и принять непростое решение о судьбе Фи, чтобы восстановить баланс и защитить королевство от нависшей угрозы, завершив свое летнее приключение.