Shadow Company: Left for Dead рассказывает историю частной милитаризированной организации под названием "Гранит". Они получают задание от нанимателя, который называет себя мистером Штейном. Задача состоит в том, чтобы отбить у повстанцев важный объект по переработке нефти. Но когда задание успешно завершается, бойцы выясняют, что все гораздо серьезнее, чем казалось на первый взгляд. И теперь им предстоит выполнить череду операций по всему миру, чтобы отыскать и разобраться с таинственной организацией под названием Генезис.

Shadow Company: Left for Dead является тактическим проектом, а поэтому каждое действие, совершаемое пользователем, нужно продумывать заранее. Каждый раз, ландшафт местности, размер карты и прочие факторы будут меняться, поэтому действовать шаблонно не выйдет. Благодаря тому, что каждый член "Гранита" имеет свою специализацию, игроки могут заранее составить план действий и решить, в какой последовательности обезвреживать врагов, как захватывать территорию и прочее. Например, Хлое Марко, снайпер, может занять удобную позицию на большом расстоянии и снимать врагов, находясь вне зоны досягаемости. В это время Джон Эмерсон, который специализируется на скрытных убийствах, сможет разобраться с остальными зная, что его прикрывают. Перемещения персонажей, а также местоположение обнаруженных врагов отображаются на мини-карте, поэтому не стоит ждать внезапных "исчезновений" противника из поля зрения. Если противник убит, можно обыскать или спрятать тело, чтобы не привлекать внимание других солдат. В завершении каждого уровня члены отряда должны пробраться к зоне высадки, откуда их доставят в безопасное место и дадут указания по следующей миссии.