Deep Fighter является сиквелом не менее культового проекта, вышедшего еще в прошлом веке, и существенно улучшает те аспекты, на которых базировался геймплей в той части. Здесь, в центре внимания находится военизированное сообщество, базирующееся глубоко под водой. Это люди, добившиеся существенного прогресса технологий, но их численность настолько невелика, что они боятся даже самой незначительной угрозы извне. Их глобальная задача - построить корабль Левиафан, чтобы переместить все сообщество в безопасное место, параллельно сражаясь с враждебной фракцией Шадоукин.

Суть геймплея в Deep Fighter незамысловатая, но при этом её нельзя назвать примитивной. Здесь, в симуляторе субмарины, пользователь управляет подводным аппаратом, который перемещается по подводным локациям, уничтожая противников. Наблюдение за происходящим ведется из кабины пилота, где отображаются нужные показатели (например, уровень радиации или запас энергии корабля). В большинстве случаев, суть миссий остается схожей - необходимо оборонять территорию, перемещаясь по разным фрагментам прилегающей территории. Помимо этого, пользователю необходимо собирать особые оранжевые кристаллы, ведь они являются ценным ресурсом для человечества. Когда очередное задание подходит к концу, нужно подплыть к шлюзу, чтобы сбросить "добычу". Также, прямо во время задания пользователь может получить указания от командования (например, нужно уничтожить приближающийся с фланга вражеский объект). В качестве основного оружия здесь используется бластер, который способен разбивать негабаритных противников всего за пару секунд. Но когда дело дойдет до битв с боссами, которых здесь всего 8, необходимо показать свои навыки ведения боя.