Doc Apocalypse начинается с метеорологического эксперимента доктор Хиггинса, который вызвал настоящий апокалипсис. Главному герою необходимо найти способ помочь ему связаться с семьей, а после попробовать вместе решить ошибку. Катастрофа принесла ему имя Док-Апокалипсис. Игровой процесс представлен в виде исследовательского приключение с управлением point-n-click.

Профессор Хиггинс зашел в тупик из-за неверных расчетов его погодного эксперимента, способного навсегда изменить мир. Он вызвал то, что кажется концом всего. Поднявшись на поверхности из своей лаборатории, он видит, что жители его родного города страдают и ведут новую жизнь в постапокалиптической среде. Он сразу начинает задаваться вопросами о своей семье, где они, сможет ли он связать и существует какая-нибудь надежда на то, чтобы обратить вспять эту катастрофу.

Пользователь побывает в роли невидимого "навигатора", помогающего Доку и его семье путешествовать во времени и пространстве по необычным регионам. Подопечный найдут разные секретные проекты, древние и заброшенные места, которые помогут объяснить и устранить опасный временной отрезок. Перемещаясь по разным измерениям, главный герой встретится с второстепенными персонажами, будет решать головоломки и находить больше элементов, необходимых для устранения угрозы.