Marimo -VS- I.A.S позволяет юзерам посетить морские глубины, взяв под управление шарики Маримо Мосс. Придется сражаться со свирепыми инопланетными видами рыб и креветок, что мутировали и увеличились в размерах. Игроки будут перемещаться по 2.5D карте и расстреливать противников в стиле скролл-шутеров с боковой прокруткой. Для выстрела по врагу приходится применять специальные заряды, что могут концентрироваться на 6 целях и точно попадать по ним.

Соперники в "Маримо -VS- И.А.С" могут заплывать на задний план, что вынуждает внимательно отслеживать за ситуацией на поле боя. Сюжетная линия повествует про 2222-й год нашей эры, где мировая экосистема вышла из-под контроля и начала мутировать в связи с загрязнением поверхности Земли. Впоследствии произошла эрозия грунта, а пресноводные организмы оказались под угрозой вымирания. Некоторые из водных существ проглатывали "инопланетные твердые частицы", что привели к серьезным изменениям в их генетике.

События происходят в озере Акан, среде обитания шарообразных организмов. Игроки возьмут под управление небольшую колонию этих созданий, чтобы бороться за выживание. Одна особь-мутант освоила способность свободно манипулировать кислородом из-за результата фотосинтеза, чтобы стрелять по врагам сферическими снарядами. Пользователи смогут прокачать героя и через время получить новые скилы, чтобы эффективнее разбираться с чужеродными монстрами.