AlCHeMoS позволяет игрокам отправиться на испытания, посещая миры, выполненные в молекулярной миниатюре. Геймерам предстоит бродить по локациям, занимаясь изучением алхимических реакций. Проект представляет собой экшен-адвенчуру, где приходится передвигаться по карте и изучать разнообразные субатомные частицы. Получится сразиться с силами темной материи, а также пройти эволюционный путь развития протагониста.

Главной задачей для юзеров в AlCHeMoS становится изучение окружающей вселенной, пилотируя Протоатомной оболочкой (устройство размером с атом). Пользователи будут собирать и комбинировать субатомные частницы, чтобы открывать новые элементы. Придется активно собирать знания об окружающей среде, чтобы противостоять Темным Силам, что напали на Стихийные Архивы. Юзерам приходится путешествовать по лабораторному столу, а также взаимодействовать с интерактивными предметами.

В процессе прохождения, игрокам предстоит избегать Слияния, чтобы защитить Архивы Элементалей. Придется прокачивать способности протагониста, чтобы улучшать модули прыжков, передвижение, рывки. Получится создавать квантовые туннели, брать под контроль частицы с помощью бета-блока и обмениваться протонами и нейтронами. Юзеры смогут изучить замораживающий гамма-излучатель, чтобы одержать вверх над Темной Материей и Аннигилятором.