События The Bureau: XCOM Declassified разворачиваются в США 1962-1963 года. Агент ЦРУ Ульям Картер поступает на службу в XCOM, созданную для противостояния пришельцам. Тут главный герой исследует признаки вторжения, изучая чужие технологии и собирая элерий (топливо инопланетян). Для выслеживания внеземных форм жизни используется радио и радар.

Ульям действует один или в составе оперативной группы. По ходу действия можно переключаться в тактический режим, позволяющий отдавать приказы 2 членам своей команды. Во время этого игровое время замедляется. Главный герой способен исцелять союзников, временно контролировать врагов, применять любое оружие и метать гранаты. По мере прохождения открывается ряд дополнительных возможностей. Игрок может нанять до 8 напарников, каждый из которых получает одно из пассивных умений на выбор. Одни будут чаще применять навыки, вторые лучше обращаются с оружием, третьи имеют повышенный запас здоровья, четвертые быстрее хилятся. Есть 4 класса подконтрольных юнитов:

• Поддержка дает баффы остальным бойцам, строит энергетические щиты и ослабляет врагов. На вооружении имеет пистолет-пулемет.
• Инженер строит боевые турели, выманивает неприятеля из-за укрытия, расставляет мины. Стреляет из дробовика и плазмера.
• Коммандос – сильнейший воин, сбивающий с ног и наносящий много урока по площади. Может увеличивать количество хп одного из союзников. Владеет автоматом и плазмометом.
• Разведчик метко стреляет на дальние расстояния при помощи снайперки, может становиться невидимым и создавать своего двойника.