Игровая механика пошаговой Invisible, Inc полностью заточена под стелс и оперативное принятие решений по ходу миссии. Время на выполнение задания всегда ограничено, а управляемых игроком персонажей нельзя терять, так как их гибель окончательна. Для данного проекта характерна процедурная генерация уровней с заранее задаваемой целью и сложностью.

Сюжет стартует в недалёком будущем в 2074 году, когда реальной властью обладают не правительства, а крупные корпорации. Между ними существует огромная конкуренция, и дабы уничтожить противника, компании нанимают частные разведывательные организации для поиска компромата. Одной из таких организаций является Invisible, Inc, вокруг которой и разворачиваются события игры.

Геймер выступает в образе оператора, которому другой сотрудник по прозвищу Центр сообщает о нападении на компанию. Большая часть агентов либо захвачена, либо убита, а главный сервер «Инкогнита» взломан. Оставшимся силам удаётся спасти сервер, но его необходимо переподключить к мощной компьютерной сети в течение 72 часов. Геймер и двое управляемых им агентов отправляются на миссии, чтобы освободить других сотрудников и подготовиться к финальному заданию по спасению «Инкогнита».

На протяжении всего прохождения геймер будет управлять 2 ценными героями, на начальном этапе Декардом и Бэнкс. Всего для открытия доступно 10 героев и 6 программ для взлома. Каждый персонаж имеет уникальную экипировку и бонусы к одному из 4 навыков. Задачи на случайно генерируемых уровнях всегда разные: спасти пленных, добыть информацию и т.д. Агентам, управляемым игроком, необходимо бесшумно обходить системы безопасности и охранников. Каждое неверное действие только усложняет миссию.

Разработчики добавили в проект 5 игровых режимов, а также добавили возможность полного изменения пользовательских параметров и уровня сложности. Минималистичная графика и интерфейс не отвлекают от геймплея, а случайная генерация заданий способствует реиграбельности.