События второй части развиваются для нас в том же мире, на планете E.D.N. III. После событий первой части растаял снег, пустыни оголились, пираты поселились в появившихся джунглях. Главный герой уничтожает множество пиратов в составе Акрида G, а после узнает, что главное командование не предполагало эвакуировать личный состав после сражения. В шутере от третьего лица - Lost Planet 2 — мы погружаемся на ту же планету, однако сюжет и геймплей претерпели сильные изменения в лучшую сторону.

Сценарий завязывается на той же спецгруппе NEVEC. В Карпетбаггере группа специального десанта сокрушается на поезд, на котором установлены массивные пушки. Однако отряд терпит неудачу и вновь появляется Акрид G. Герои уничтожают его и удаляются в безопасное место, а сюжет показывает нам одинаковые лица героев, которые являются клонами Ивана Солотова. События переключаются на снежных пиратов, которые совершали набег на Карпетбаггер. Вернувшись с тяжелыми потерями, сценарий показывает, что группу перехватил Акрид категории G, а также песочные рейдеры, которые использовали бронепоезд с массивными пушками. Пираты хотели сбежать, загрузили вертолет энергией, но их сбили пираты и оставили в меньшинстве.

Сюжет имеет несколько логических завязок, и мы видим события сразу от нескольких группировок. Разработчики сохранили экстремальную местность, бой с боссами, управление персонажем в бронекостюме, а также добавили в кооперативный режим возможность двух игроков цепляться за третьего, который управляет мехом. Тепловая энергия тратится меньше, потому что окружающая температура намного выше, однако тепловое оружие по-прежнему расходует энергию. Игроки в группе смогут поддерживать уровень энергии, используя новое таргетированное оружие для защиты. За каждую миссию теперь дают очки в зависимости от успешности выполнения. Эти боевые очки можно потратить на кастомизацию костюмов. Многопользовательский режим не сильно отличается от Lost Planet, но теперь редактор внешности может изменить полностью всего персонажа, а не только туловище и лицо.