Filament - головоломка, в которой необходимо узнать, что произошло на борту шаттла под названием "Алебастровый". Весь экипаж пропал без вести. Корпорация "Нить" поручает игроку вернуть контроль над кораблем после произошедшей катастрофы. Первым делом предстоит восстановить систему питания. Из выжившего персонала осталась лишь пилот по имени Хвои, которая будет помогать игроку на протяжении всей игры.

Геймплей предлагает решить множество непростых загадок, которых в Filament насчитывается порядка 300 штук. По кораблю можно передвигаться совершенно свободно, что позволит решать пазлы в произвольном порядке. По мере прохождения игры, игрок будет находиться на постоянной связи с Хлоей. Он будет узнавать детали ее прошлого, постепенно сближаясь с девушкой. Также она раскроет детали событий, произошедших на станции. Игровой процесс представлен в изометрическом минимальном стиле.

Помимо, необходимо отыскать по всему звездолету записи, дневники и разные личные предметы, принадлежащие членам экипажа. Обыскивая каждый отсек корабля, постепенно начнет выстраиваться цепочка, помогающая восстановить детали катастрофы. Разработчики к особо сложным задачкам оставили подсказки, которые необходимо отыскать. Когда будут решены все головоломки и шаттл придет вновь в эксплуатацию, можно будет покинуть станцию.