Действие Athena Code происходит в футуристическом и высокотехнологичном мире будущего. Научный прогресс и робототехника шагнули далеко вперед, а киборги стали неотъемлемой частью человеческого существования. Однако не всем по душе такое направление развития. Подпольная повстанческая организация "Призрачный Коготь" пытается провести серию операций, которые попытаются разрушить устоявшийся порядок вещей. Чтобы предотвратить катастрофу, и ликвидировать угрозу, служба безопасности отправляет на задание Афину, одного из лучших своих агентов. Смертоносность этой девушки-андроида может сравниться только с ее привлекательностью.

Athena Code - это научно-фантастический экшен от 3-го лица, созданный инди-разработчиком. Игрокам необходимо выполнить ряд миссий в различных локациях, наполненных роботами и механическими собаками. Перед началом компании есть возможность отточить навыки управления и боя в тренировочном павильоне. В арсенале геймера будут эффектные приемы ближнего боя, гранаты, а также использование огнестрельного оружия вроде плазменного пистолета. Также можно использовать элементы окружения, такие как взрывающиеся бочки, чтобы нанести урон сразу нескольким противникам. Периодически на связь выходит командование, чтобы дать информацию о целях задания.