Главной героиней Edna and Harvey: Harvey's New Eyes является девушка по имени Лилли, посещающая школу-интернат. Она очень застенчивая и скромная, иногда слишком сильно, что делает ее объектом насмешек и шуток со стороны сверстников. Единственная подруга героини - Эдна, но вскоре их отношения становятся более сложными. Однажды глава интерната, ненавидящая детей и не способная их контролировать, приводит психиатра доктора Марселя в школу, который должен научить учеников к послушанию. Обеспокоенная этим, Эдна просит подругу стереть все записи о том, что она когда-либо была здесь.

С точки зрения геймплея, Edna & Harvey: Harvey's New Eyes - это приключение в классическом стиле, где все собрано в одном месте. Героиня посещает различные места (сначала школа и ее окрестности, затем окружающий мир становится более изощренным), беседует с встречающимися персонажами, решает головоломки, чаще всего связанные с использованием объекта в нужном месте, и так далее. В отличие от старых приключений, интерфейс был модернизирован - нет отдельных команд, таких как «взять», «увидеть» или «использовать». Также предметы, обозначенные курсором, автоматически попадают в инвентарь. Сюжет также разнообразен по аттракционам в виде мини-игр. Их несколько, но если не удается их пройти, то можно их пропустить. Несмотря на то, что вторая часть является продолжением, знание оригинала не требуется (продолжение посвящено приключениям других персонажей). Визуальное оформление и музыкальные композиции позволяют полноценно погрузиться в удивительный мир.