KUNAI является метроидванией с видом сбоку. У инди-проекта двухмерная графика в стиле пиксель-арт. Протагонист нарисован синим цветом, его враги – красным, а все окружение выглядит монохромным. У главного персонажа вместо головы компьютерный экран. На нем постоянно отображаются эмоции, что боец испытывает в данный момент. Прогресс в этой игре сохраняется при посещении контрольных точек.

В KUNAI мы управляем ниндзей-планшетом по имени Tabby. Герой живет в мире, который захватили машины. Робот с душой древнего воина пытается спасти остатки человечества от искусственного интеллекта Lemonkus и армии его механических приспешников. Ему поможет в этом деле верная катана и кунаи. Также он обзаведется сюрикенами и пулеметами. Оружие разрешают прокачивать за собранные монетки, а ещё все пушки и клинки обладают альтернативными способами применения. Например: меч позволяет отбивать пули, а кинжалы с привязанными к ним веревками можно использовать вместо крюка-кошки. Вокруг их применения и строится весь геймплей.

Самурай постепенно получает новые способности. Они дают возможность попадать в новые места и преодолевать ранее неприступные препятствия, а также облегчают игровой процесс. Герой научится пользоваться картой (сначала перемещаться между локациями придется по памяти), сможет совершать двойной прыжок и т. п. Этого персонажа тоже можно улучшать. По уровням разбросаны сундуки, в которых попадаются сердца. При сборе достаточного количества этих предметов увеличится максимальное здоровье. Помимо этого внешность робота можно слегка менять благодаря найденным шляпам. Телепортацию между разными зонами разработчики не завезли. Поэтому после очередной победы над боссом или нахождения секрета придется долго возвращаться из одного конца открытого мира в другой, параллельно сражаясь с постоянно возрождающимися врагами.