События METAL SLUG 3 разворачиваются после того, как равновесие и порядок на планете были восстановлены. Генерал Морден вновь встал у власти и попытался совершить государственный переворот, но правительство узнало о его планах и заранее не дало шансов противнику вновь превратить континент в хаос.

Как и в предыдущих частях, игрок способен превращаться в мумию. Если протагонист подвергается нападению со стороны инфекционной жидкости, то он превращается в зомби. В данном виде он способен пользоваться гранатами красного цвета. Также обладает повышенной защитой против стандартных солдат, но не сможет приседать и пользоваться огнестрельным оружием, не считая пистолета. Как только подопечный погружается в воду, то надевает скафандр, а вместо бомб пользуется тяжелыми шайбами. Для полета он садится в воздушное или космическое судно, либо применяет реактивный ранец.

Во время прохождения пользователь столкнется с многочисленными транспортными средствами. Всего имеется 7 механизмов, оснащенных оригинальным оружием и характеристиками. Бурильщик позволит изменять высоту, чтобы отходить от соперников на безопасное расстояние. "Страус" далеко прыгает и стреляет благодаря шестиствольному пулемету. Космическая субмарина появится только в последней миссии, когда войско Мордена и центральный персонаж вступили в союз. Если убить пилота Боевого броненосца, то игрок сможет сесть в него, стрелять из тяжелого пулемета, а впоследствии заменить другим оружием. В ближнем бою данная махина применяет коготь и прыгает выше любого другого транспортного средства.