Princess Maker 3: Fairy Tales Come True ставит геймера в роль опекуна, воспитывающего молодую девушку до совершеннолетия. Фея по имени Узу выступает в качестве наставника, подсказывая юзерам различные аспекты воспитания детей. Ключевым дополнением этой части является возможность выбрать профессию для персонажа юзера, что дает еще один уровень кастомизации. Система расписания позволяет планировать до пятнадцати дней одновременно, влияя на воспитание девочки.

По ходу сюжета появляются события и соперничающие герои, формирующие впечатления от неожиданных взаимодействий и испытаний. В Princess Maker 3: Fairy Tales Come True сохранены основные механики предшественников, а интерфейс упрощен для удобства использования. Режим альбома предоставляет доступ к иллюстрациям из каникул и нескольким концовкам, поощряя геймеров исследовать различные варианты развития истории. Занятия и подработки играют важную роль, предлагая анимированные изображения работы и учебы.

Каждый путь влияет на навыки, личность и будущие перспективы девушки, создавая разнообразные истории, основанные на решениях, принятых на этом пути. Юкана Ногами, известная актриса озвучивания, озвучивает дочь. В тайтле использованы анимированные пиксельные герои, которые динамично взаимодействуют между собой на экране событий. Крупные иллюстрации персонажей сопровождают ключевые моменты, подчеркивая значимые моменты в сюжете.