MAGICAL BEAT сочетает элементы головоломки с действиями в ритм музыки. Геймер управляет падающими цветными фигурами, именуемыми битонами, стараясь соединить 3 и более одинаковых по горизонтали или вертикали. Сброс этих блоков точно в ритм фоновому саундтреку — ключевая часть геймплея. Удачные синхронные комбинации убирают битоны с поля и отправляют серые блоки-помехи на экран соперника. Музыкальное сопровождение включает композиции от Kikuo, а также треки из проектов Guilty Gear и BlazBlue.

Точность выбора момента решает исход в MAGICAL BEAT. Если сбросить битон не в ритм, он разлетится на бесполезные части, которые упадут случайно и могут помешать планам. Для помощи с попаданием в такт сбоку от игровой сетки виден индикатор Beat Synchro Gauge, показывающий музыкальный метр. Соревновательный аспект построен на быстрой очистке своей стороны поля и одновременном создании трудностей оппоненту путем пересылки мешающих элементов, заработанных за успешные действия.

Этот тайтл содержит систему цепных реакций для набора очков и атаки. Собранные фигуры не исчезают мгновенно, оставаясь недолго на поле и давая шанс для новых соединений. Можно использовать эту паузу, чтобы присоединить еще битоны того же цвета к ожидающей группе, убирая более крупные формации разом. Такие цепочки приносят больше очков и увеличивают количество помех, отправляемых противнику. На разных уровнях используется различный темп (удары в минуту), что меняет скорость и влияет на возможности для комбо.