Quiet is the Eyes знакомит игрока с историей одинокой исследовательницы, оказавшейся в неожиданно опустевшем научном комплексе. Все сотрудники куда-то пропали, что создает чувство оторванности от мира, которое подчеркивает лишь стук капель по окнам. Изучение локаций происходит в формате 2D-платформера, а за героиней по пустым помещениям неотступно следует невидимое создание. Его близость требует всегда быть начеку, заставляя искать укрытия и спасаться бегством, чтобы пережить встречу.

Ключевой геймплей в Quiet is the Eyes состоит в изучении разных отсеков комплекса и противостоянии постоянной опасности. Дальнейшее продвижение зависит от решения встроенных, непростых головоломок, которые мешают свободно перемещаться, что указывает на полную изоляцию учреждения. Отпирание дверей и нахождение путей для выхода целиком зависят от способности играющего справляться с этими задачами в напряженной обстановке. Однако ни одно место не дает полной безопасности, ведь преследователь всегда рядом и влияет на каждое действие и шаг внутри научного центра.

Предстоит взять под контроль героиню, чья задача — узнать тайны этого научного заведения. Сюжет раскрывает, какие секретные опыты здесь ставились, и помогает понять, почему исчез персонал и что случилось с комплексом. Расследование происшествий равносильно попытке проникнуть в секреты учреждения, ставя выбор: узнать правду или стать добычей того, что теперь хозяйничает в помещениях. Эта игра предлагает запутанную историю с элементами Лавкрафта и сверхъестественного.