Cemetery Mary рассказывает о девушке, которая очень любит проводить время на местном кладбище. Эта особенность становится завязкой дальнейших событий, когда ее родители исчезают при загадочных обстоятельствах. Вскоре после их пропажи она получает анонимное СМС, в котором неизвестный уверяет, что ее родители в безопасности. Это известие повергает ее в смятение. Она начинает серьезно сомневаться в их реальном положении и местонахождении.

Параллельно этим личным переживаниям по городу ползут слухи о серийном убийце, известном как Блэквудский Мясник, что порождает вопросы о возможной связи с происходящим. Мэри предстоит выяснить, причастен ли этот зловещий тип к ситуации с ее семьей, или за исчезновением и таинственным сообщением кроется иное, возможно, более мрачное объяснение. Расследование в Cemetery Mary потребует разобраться в этих неясностях, чтобы найти ответы о маньяке или ее родителях. Поиски истины сопряжены со значительным риском и вполне могут привести к тому, что она станет постоянной обитательницей того самого места, где прежде искала лишь утешение.

Эта игра функционирует как визуальная новелла, где решения геймера напрямую влияют на развитие сюжета и финал. Предстоит пройти 3 различных сюжетных пути, каждый из которых зависит от выборов, сделанных по ходу прохождения. Любой маршрут неизбежно завершается либо хорошим, либо плохим финалом, наглядно отражая последствия принятых ранее шагов. Кроме того, можно разблокировать особую Истинную Концовку после успешного завершения любого из основных путей, что заметно продлевает общий игровой процесс.