SuperTux предлагает классический 2D-платформер в стиле jump'n'run, предоставляя игрокам контроль над пингвином Таксом. Игроки путешествуют через несколько непохожих друг на друга миров, используя базовые механики бега и прыжков для перемещения по запутанным платформам. Взаимодействие с противниками происходит через напрыгивание сверху, удар снизу по опоре или применение подобранных вещей для атаки на расстоянии. По ходу приключения Такс подбирает бонусы и прочие предметы, находящиеся на этапах, что расширяет его способности.

Сюжетная основа SuperTux строится на целеустремленной миссии Такса вызволить подругу Пенни, захваченную антагонистом Нолоком. Путь пролегает через ключевые регионы, такие как просторный Ледяной Остров и затем Корневой Лес, где встречаются неповторимые условия для прыжков и интегрированные загадки. Важными этапами продвижения служат уровни-крепости, которые нужно внимательно изучать, и непосредственные схватки с сильными боссами. В арсенале Такса есть особые приемы, например, сальто назад для лучшего маневрирования в полете, и физика плавания для перемещения в воде.

Структура уровней в этом проекте специально создана для разных стилей прохождения: она подходит для любителей последовательного движения вперед, тех, кто концентрируется на решении загадок, а также для спидраннеров, нацеленных на скоростное завершение. Эти локации населены различными видами неприятелей, что требует применения отличающихся тактик для их преодоления или устранения. Кроме центральной кампании, тайтл предоставляет доступ к комплектам этапов от сообщества, сезонным локациям, обособленным бонусным островам без связи с главным повествованием, и загружаемым дополнениям с новыми историями и соответствующими им этапами для продления геймплея.