Mission Zigloton представляет игрокам инопланетного персонажа, отправляющегося на задание по добыче реликвии. Эта центральная задача двигает повествование вперед, пока Зиглотон пытается проникнуть в незнакомое место на планете. Проект представляет собой одиночное приключение, сосредоточенное на платформенных задачах, которые требуют аккуратного перемещения и быстрой реакции. Везде применяется рисованная анимация, визуально оживляя мир и его жителей.

Геймплей в Mission Zigloton разворачивается в последовательности из более чем 40 связанных локаций, каждая из которых содержит препятствия. Геймеры направляют Зиглотона с помощью понятной системы контроля, построенной на механиках прыжка, нужного для движения. Путь включает взаимодействие с окружением через конкретные действия: Зиглотон способен освоить танец, прятаться в бочках или даже столкнуться с опасностями вроде огня. Эти составляющие вносят разнообразие в прохождение наряду с основными элементами платформера.

Процесс прохождения делает акцент на точности действий, так как структура уровней требует от геймера точного расчета времени и движений. Контакты с другими персонажами на планете становятся частью продвижения, определяя дорогу Зиглотона к реликвии. Преодоление загадок локаций и динамичных отрезков формирует ядро этого сайд-скроллингового проекта. Игра поддерживает постоянный уровень сложности на всем своем протяжении, требуя от игрока освоения управления и запоминания структуры локаций.