Chex Quest HD отправляет геймера на далекую планету Базоик для освобождения галактических жителей от вторгшихся Флемоидов. Эти поедающие хлопья существа прибыли из другого измерения и захватили аванпост Межгалактической Федерации Закусок. Предстоит проникнуть в пещеры планеты, используя специальные устройства для зорчинга противников. Цель состоит в применении этих инструментов, чтобы вернуть Флемоидов в их родное пространство и спасти пленников.

Chex Quest HD является обновленной версией шутера от первого лица 1996 года, изначально созданного в рекламных целях. Нужно взять на себя роль одного из персонажей эскадрильи Chex Mix, выполняя поставленную сюжетом задачу. Тайтл предлагает различные способы взаимодействия с представленным на планете Базоик сценарием. Можно выбрать одного из 6 доступных членов эскадрильи, каждый из которых открывается по мере продвижения.

Структура поддерживает как одиночный геймплей, так и совместные сессии через функцию разделения экрана. Независимо от того, проходит ли человек испытания в одиночку или с кем-то локально, основное занятие остается неизменным: противостояние Флемоидам. Успех требует навигации по локациям и эффективного управления инструментами для перемещения существ между измерениями. Общая задача — восстановление нормальной обстановки на аванпосте Федерации путем устранения вторжения врагов в этой игре.