Puppy Cross знакомит с игровым процессом, который объединяет головоломки-нонограммы, также известные как пикросс, и систему ухода за собаками. Геймерам предстоит решить коллекцию из более чем 100 логических задачек. Успешное выполнение этих заданий открывает доступ к разнообразному содержимому специально для личного сада. Это содержимое включает вещи для забав, многочисленные породы для пополнения коллекции и ряд декоративных объектов для украшения окружения.

Помимо заранее подготовленных задачек, геймеры получают возможность детально обустроить свой выделенный садовый участок, расставляя полученные элементы согласно личным вкусам. Проект Puppy Cross дополнительно расширяет геймплей режимом Далматинец, который создает бесконечное число случайных сеток для длительного времяпрепровождения. Этот режим также включает систему ключей генерации, механизм, позволяющий передавать определенные схемы сеток знакомым.

Затем они соревнуются за самое быстрое прохождение одинаковых головоломок. Данный тайтл содержит более 100 сеток, созданных вручную, дополненных значительным числом процедурно создаваемых заданий в рамках функции случайной генерации. Размеры варьируются от компактных 5x5 до более крупных форматов 20x20, предоставляя различные уровни сложности. В части обустройства сада для оформления доступны 4 отдельные зоны. Кроме того, эта игра включает 50 различных пород собак, и каждый игрок может напрямую взаимодействовать с этими животными, поглаживая их.