Ninja Striker! предлагает динамичное взаимодействие, основанное на стремительных маневрах и непрерывном продвижении вперед. Геймеры перемещаются, используя двойные прыжки, точечные удары и особое Действие Шиноби. Успех зависит от точного выполнения этих приемов, требуя отточенных рефлексов для завершения миссий. Ключевая механика этого экшена включает поддержание скорости и накопление очков за комбинации.

В Ninja Striker! выбор оперативника существенно влияет на игровой процесс при прохождении этапов. Доступны четыре персонажа, каждый из которых обладает уникальными навыками, меняющими тактику взаимодействия с окружением и встречи с боссами. Прохождение кампании каждым воином предлагает измененные боевые ситуации, что стимулирует исследование различных стратегических подходов в игре. Список включает Ниндзя, бойца, предпочитающего близкий контакт, который применяет атаку Круговой Удар и специальный прием.

Вместе с ним выступает Куноичи; она метает поражающие элементы атакой Вращающийся Выстрел и использует особый Кунай. Ее умения предоставляют тактическую альтернативу прямолинейной атаке Ниндзя. Другой вариант — оперативник с Цепным Серпом, отличающийся стилем, обеспечивающим увеличенную дальность действия посредством Цепной Атаки и особого Удара Серпом. Завершает выборку Робот-Ниндзя, юнит с повышенным запасом здоровья и способностью ускоряться на уровнях.