Mystopia — это песочница, сосредоточенная на строительстве миров путем размещения блоков. Игроку предстоит возводить окружение, исполняя желания созданий по имени Мони, которые предоставляют объекты для сооружения. Эти существа диктуют правила размещения, требуя соблюдать дистанцию между определенными вещами и запрещая некоторым элементам соседствовать. Выполнение их пожеланий открывает доступ к новым типам блоков и знакомит с другими Мони.

Режим Саги предлагает прохождение с конкретными задачами, рассчитанное примерно на 23 часа. В дополнение к сюжетной кампании, тайтл Mystopia предлагает Обычный режим, где игровой процесс не имеет финала. Здесь геймер добывает строительные элементы с помощью Фонаря, захватывая души, и может отыскать особые объекты вроде Магазина Пентаграммы, добавляющего новые функции. Доступен Котел для смешивания трех предметов с целью создания зелий, обладающих различными эффектами, например, уменьшающих предметы или превращающих их в золотые.

Данная опция геймплея позволяет непрерывно заниматься мироустройством и сбором ресурсов. Третья опция, Творческий подрежим, дает доступ к неограниченным ресурсам и отменяет любые цели. Этот вариант поощряет созидание без рамок, позволяя экспериментировать со всеми доступными элементами. Можно формировать острова и комбинировать компоненты в собственном темпе. Также разрешается соединять определенные объекты, например рельсы или тотемы, для формирования более масштабных и сложных структур в любом из режимов игры.