Действие Everdeep Aurora разворачивается в мире, где непрекращающийся метеоритный дождь вынудил его население жить под землей. Повествование следует за Шелл, кошачьим ребенком, которая просыпается и обнаруживает, что ее мать исчезла. Чтобы начать свои розыски, Шелл при помощи бура пробивается вниз от поверхности, прокладывая дорогу сквозь пласты пород. Ее спуск — это миссия по поиску родителя и раскрытию тайн скрытого мира, именуемого Эвердип.

Это путешествие сочетает в себе элементы платформера, решение головоломок и освоение подземного окружения. По мере того как Шелл продвигается вглубь мира Everdeep Aurora, она сталкивается с сообществом персонажей, у каждого из которых своя история. Она повстречает измученных существ с туманным прошлым и других личностей, способных предложить побочные задания для получения сведений. Решения игрока определяют конкретный маршрут в глубинах, открывая доступ к тайным пещерам или большим подземным поселениям.

Процесс освоения локаций нелинеен, а дорога через этот мир является прямым следствием действий геймера. Развязка истории напрямую зависит от поступков, совершенных во время спуска. Взаимодействие с обитателями и выбранные маршруты влияют на итоговый результат миссии Шелл. Вследствие этого игра может закончиться одной из нескольких концовок, где каждая предлагает свой вариант разгадки основной тайны. Розыски пропавшей матери оказываются связаны с летописью всей этой цивилизации, живущей в подземельях.