Mute Crimson DX ставит игрока под контроль персонажа по имени Ниндзя, противостоящего захвату города монстрами. Путь начинается в доме протагониста и линейно проходит через разнообразные локации к источнику враждебных сил. Продвижение вперед требует преодоления преград при помощи двойного прыжка, взбирания по вертикальным поверхностям и уничтожения противников мечом. Каждый этап предлагает серию платформенных испытаний, необходимых для дальнейшего прохождения.

Кампания в Mute Crimson DX разделена на 9 уникальных миров, представляющих новые платформенные конструкции и разнообразных противников. По завершении ключевых отрезков пути геймер вступает в схватки с могущественными боссами. В случае гибели персонажа игра предлагает встроенную функцию перемотки, обращающую геймплей вспять в любой момент. Данная механика является опциональной настройкой и отключается в меню.

Сюжет подается через последовательность полноэкранных, нарисованных от руки заставок, появляющихся между сегментами геймплея. На самих уровнях геймерам дана возможность находить коллекционные предметы и обнаруживать тайники. Сбор этих находок открывает доступ к дополнительным игровым режимам и другому разблокируемому контенту, расширяя прохождение за рамки основной истории. Этот платформер следует по заранее определенному пути от начальной локации до финального противостояния.