В The God Unit игроку предстоит управлять весом специальных кубов, чтобы преодолевать физические головоломки. Действие происходит в научном центре корпорации B-O-NYX, где для прохождения локаций нужно сочетать основную способность с другими доступными механиками. Сеттинг представляет собой мир на грани катастрофы, а исследование комплекса позволяет по крупицам собирать информацию о главном герое и мрачных тайнах окружения. Каждая решённая задача постепенно приближает к разгадке происходящих событий.

Структурно The God Unit состоит из 42 этапов, сложность которых постоянно растёт. Первые тесты служат для освоения базовых принципов, но последующие потребуют от геймера нестандартного мышления для нахождения верного пути. Сюжетная линия раскрывается нелинейно через обрывки сведений, разбросанные по исследовательским зонам. Складывая их воедино, можно восстановить предысторию персонажа и понять причины грядущего апокалипсиса, что вознаграждает самых внимательных.

Ключевой игровой процесс построен на оригинальных сочетаниях механик, подталкивающих к экспериментам. Основой служит использование инструмента, меняющего вес предметов для манипуляций с физическими законами, часто в комбинации с другими системами. Атмосферу интеллектуального напряжения разряжают вставки с юмором, интегрированные в окружение в виде текстовых сообщений. Такой подход создаёт контраст между комичными элементами и основной темой игры — решением комплексных задач в условиях неотвратимой катастрофы.