FISHTOPIA совмещает пассивное развитие с коллекционированием карт, предлагая 12 типов карточек с особыми эффектами. Игровой процесс включает сбор свыше 300 уникальных существ и 100 декоративных предметов, заносимых в личную Creaturepedia. Собранные элементы используются для кастомизации водных локаций при помощи разнообразных тем. Взаимодействие основано на простых касаниях для выращивания питомцев, а среда продолжает развиваться даже в офлайн-режиме, обеспечивая непрерывный прогресс.

Исследование в FISHTOPIA охватывает 5 различных зон, содержащих уникальные наборы карт и предметов для получения. Центральная задача — систематический поиск новых видов и их вариаций для заполнения коллекционного каталога. Найденные существа заселяют подводные ареалы, находящиеся под управлением геймера. Эта игра также предоставляет функцию динамических обоев, позволяющую созданному морскому пейзажу служить активным фоном на экране компьютера.

Прогрессия требует минимального прямого участия, поскольку существа и их окружение эволюционируют без постоянного вмешательства. Игрок может смешивать и сочетать декорации из множества тем для создания персонализированных подводных сцен, свободно размещая объекты. Система позволяет переключаться между тематическими фонами для изменения визуального контекста локации. Данный процесс поддерживает создание индивидуальных композиций, включая оформление в стиле киберпанк и другие доступные эстетические варианты.