В Neko Navy геймеры берут под управление летающих котов, противостоящих целой армии разнообразных противников. Основной конфликт этого скролл-шутера разворачивается на семи динамичных уровнях с горизонтальной прокруткой, наполненных непрерывными воздушными боями. На выбор доступны шесть уникальных кошачьих пилотов, каждый из которых выступает аватаром игрока и обладает своими особенностями.

Сюжетная линия последовательно ведёт к особому финальному событию, призванному разрешить главную интригу и завершить основную историю. Геймплей в Neko Navy строится на трёх ключевых действиях: ведении огня, уклонении от вражеских снарядов и применении специальных бомб. Выживание напрямую зависит от способности маневрировать в плотном, почти беспрерывном потоке пуль, одновременно уничтожая вражеские единицы. Центральная механика набора очков поощряет частое использование бомб, поскольку каждый взрыв напрямую увеличивает итоговый счёт.

Чтобы достичь максимальных результатов и занять высокие позиции в рейтинге, необходимо продуманно и стратегически применять этот ресурс на каждом этапе одиночной кампании. Проект предлагает три уровня сложности для гибкой настройки испытаний, делая его доступным для широкого круга геймеров. В самом начале можно выбрать один из режимов: EASY, HARD или DEATH. Каждый вариант кардинально влияет на интенсивность вражеских атак и плотность снарядов, заполняющих экран. Такой выбор позволяет точно адаптировать условия прохождения под разный уровень мастерства, от новичков до опытных ветеранов жанра, что напрямую сказывается на препятствиях по ходу всей игры.