События The Legend of Heroes: Sen no Kiseki 1 KAI -Thors Military Academy 1204- разворачиваются в милитаристской Эребонийской империи — нации, раздираемой конфликтом между фракциями аристократов и реформистов. На фоне этой политической борьбы Военная академия Торс создает особый VII класс, куда попадают студенты из разных социальных слоев. Игрок принимает роль Рина, нового участника этого уникального коллектива.

Студенческая жизнь героев тесно переплетается с нарастающей в стране нестабильностью, закладывая основу для главного повествования. В тайтле The Legend of Heroes: Sen no Kiseki 1 KAI -Thors Military Academy 1204- геймерам предстоит провести членов VII класса через насыщенный учебный год. Геймплей чередует академическую жизнь с практическими занятиями, отправляющими отряд в путешествия по всей империи. Такие поездки приводят к пошаговым сражениям, требующим грамотного применения способностей персонажей для победы.

Каждая глава объединяет сюжетные события, диалоги и исследование мира, напрямую связывая развитие студентов с масштабным политическим заговором и тайнами государства. В основе проекта лежит партийная система, а сюжет сфокусирован на детально прописанных характерах каждого участника VII класса и развитии их взаимоотношений. Особая механика позволяет игрокам управлять темпом повествования: нажатием одной кнопки перемещение по локациям и во время сюжетных сцен ускоряется в 2 раза. Битвы же можно ускорить в 4 раза. Этот инструмент дает возможность настроить темп прохождения насыщенной событиями игры и ее боевых эпизодов.