Shadows of Forbidden Gods предлагает игроку стать Тёмным Старшим Богом и возглавить умелых агентов. Задача подданных – вызвать апокалипсис в фантастическом мире. Предстоит руководить собственными приспешниками и помогать их собственными могущественными способностями. Работая в тени, потребуется избегать героев, пытающихся остановить надвигающуюся угрозу.

Игровой процесс представлен в виде стратегии, а пользователь получает единственную задачу – устроить апокалипсис на таинственной планете. Для выполнения цели представлен широкий спектр возможностей, заговоров и ритуалов. Прохождение начинается с того, как главный герой подкупает охранников, проникает в небольшие фермерские организации и постепенно наращивает силу. Заработав необходимое количество ресурсов, откроется доступ к созданию чумы, которая начнет ледниковый период.

Болезни и другие катастрофы, вызванные юзером, будут уничтожать целые народы, вызывать вулканы и направлять на города богов-змеев. Агенты настроены против добра. Мирная раса обладает уникальными героями и Избранными, способными остановить мрачные времена. Единственное преимущество у геймера – скрытность и возможность действовать неожиданно. Для победы имеются десятки вариантов. Игрок может разразить гражданскую войну, найти новых союзников, целенаправленно сразиться с империей или расколоть её на враждебные кусочки.